Asociación del Fútbol Argentino
En 1939 Newell's Old Boys solicita su incorporación a los torneos nacionales de la Argentina a la Asociación del Fútbol Argentino. La AFA decide otorgarle el permiso, mediante el cual lograría formar parte de sus campeonatos a partir de ese año. El 19 de marzo de 1939, Newell's Old Boys disputa su primer encuentro en forma oficial, por la Primera División Argentina. Aquella jornada la lepra se alzaría con el triunfo enfrentando al Club Atlético San Lorenzo, con un marcador de 2:1. Ese año Newell's Old Boys finalizaría el torneo en la cuarta posición, siendo el equipo mejor ubicado del interior de Argentina.
Paralelamente a los habituales torneos nacionales, la AFA ha organizado diferentes competiciones a lo largo de su historia. Una de ellas es la Copa Adrián C. Escobar, instaurada entre los años 1939 y 1949, y disputada en forma de heptagonal por los siete primeros equipos en la tabla de posiciones del torneo nacional. En el año 1949 Newell's Old Boys se coronó campeón de la misma, derrotando en la final a Racing Club de Avellaneda por 4:2 en definición por penales.
Entre los años 1949 y 1950, Newell's Old Boys emprende un desafío novedoso para la historia del fútbol de Argentina: embarcarse en una gira que lo llevaría a disputar 14 encuentros frente a equipos del viejo continente. Entre los equipos enfrentados se registrarían victorias ante Athletic Bilbao, Selección de fútbol de España, Benfica, Hannover y Hertha Berlin, entre otros.
Newell's Old Boys descendió en una sola oportunidad de categoría: fue al finalizar la temporada de 1960. Lo destacado de dicho suceso fue que en 1961 Newell's Old Boys obtiene el ascenso al ganar el torneo de la Primera "B" Nacional, pero no le permiten subir a primera división debido a una acusación de incentivación. No conforme, la dirigencia rojinegra inicia una investigación judicial que deriva en un juicio público, que el club gana abiertamente; se hace justicia y asciende a fines de 1963.
Llegada la década del 70, Newell's Old Boys comenzaría a engrosar su palmarés de torneos nacionales de AFA. De allí en más se consagraría campeón de la Primera División Argentina en 5 oportunidades: Torneo Metropolitano 1974, Campeonato de Primera División 1987-1988, Torneo Integración 1990-1991, Torneo Clausura 1992 y Torneo Apertura 2004. En adición, para poder disputar la final del Torneo Integración 1990-1991, obtuvo el Torneo Apertura 1990. El mismo, si bien no es reconocido por la AFA como un título oficial, es considerado por los hinchas de Newell's Old Boys como un campeonato más, dándole igual trascendencia que a las restantes obtenciones.
A lo largo de sus más de 100 años de vida, Newell's Old Boys también ha sido parte de un gran número de competiciones internacionales. Su participación en ellas se remonta al año 1911, cuando disputó la Copa de Honor Cousenier enfrentando al ya desaparecido Club Uruguay. La de mayor trascendencia es la Copa Libertadores de América, máxima competición continental, de la cual fue parte en 5 oportunidades: 1975, 1988, 1992, 1993 y 2006. Las más destacadas fueron las de los años 1988 y 1992, en las cuales alcanzó la instancia final.
En adición a los torneos oficiales nacionales e internacionales mencionados, Newell's Old Boys ha sido parte de una gran cantidad de torneos de carácter amistoso, como ser la Copa de Oro en 1943 y el Mini Mundial en 1988. En todos los casos, su trascendencia ha variado según la cantidad de encuentros disputados y la jerarquía de sus rivales.
En 1974 Newell's Old Boys se coronó campeón del Torneo Metropolitano 1974. Aquel campeonato es recordado por los hinchas rojinegros no sólo por ser el primer título nacional de AFA conseguido en el profesionalismo, sino también por lograr la consagración en el estadio de su clásico rival (Rosario Central). La consagración se produjo el 2 de junio de ese año, luego de remontar un resultado de 2:0 en contra y alcanzar la paridad con un recordado zurdazo de Mari Zanabria, conmemorado hasta el día de hoy por la parcialidad leprosa.

Equipo campeon del torneo Metropolitano 1974.
En el año 1976, Newell's Old Boys contó con el privilegio de ser el único equipo de la historia del fútbol argentino en representar a una Selección Nacional. El entonces entrenador de la Selección Argentina, César Luis Menotti, se comunicó con Jorge Griffa, coordinador de las divisiones inferiores rojinegras, y le solicitó que la Reserva de Newell's Old Boys representara al país en el Preolímpico 1976 en Recife, Brasil. La Selección obtuvo la medalla de bronce al lograr el tercer puesto de dicho torneo y, simultáneamente, Newell's Old Boys se convirtió en el único club de Argentina en representar a una Selección Nacional en forma absoluta.
El segundo título nacional de AFA llegaría en el año 1988, luego de coronarse ganador del Campeonato de Primera División 1987-1988. Aquel equipo es rememorado por consagrarse campeón contando sólo con futbolistas provenientes exclusivamente del propio club, hecho único en el fútbol argentino y pocas veces acontecido en el fútbol mundial. En la antepenúltima fecha Newell's Old Boys derrotaría por 6:1 a Independiente, consagrándose campeón faltando dos fechas para la culminación del torneo.
A finales de 1990, y ya de la mano de Marcelo Bielsa, Newell's Old Boys se alzaría con el «Torneo Apertura 1990». Según la metodología de aquel entonces, debería enfrentar al campeón del «Torneo Clausura 1991» para definir quién se consagraría campeón del «Torneo Integración 1990-1991». Aquel Apertura lo disputó palmo a palmo con el River Plate del ascendente Daniel Passarella y se lo llevó en la última fecha en el encuentro ante San Lorenzo, en el estadio de Ferro Carril Oeste.
Ya en 1991, y luego de que Boca Juniors se consagrase campeón del Torneo Clausura 1991, Newell's Old Boys debía enfrentarlo para definir quién se consagraría campeón del Torneo Integración 1990-1991. Se jugarían dos encuentros, el primero en Rosario y el segundo en Buenos Aires. A finales del segundo encuentro, y luego de 90 minutos reglamentarios y dos tiempos suplementarios más de paridad, el resultado no mostró un ganador por lo que se debió resolver el título desde el punto penal, encontrando a Newell's Old Boys como ganador del mismo, y coronando su triunfo en la Bombonera.
El año 1992 marcaría el fin de la era Bielsa, no sin antes alzarse con otro campeonato nacional de AFA. El Torneo Clausura 1992, con Alfredo Mendoza como goleador y Cristian Domizzi como máximo referente, coronaría a Newell's Old Boys en Vicente López enfrentando al Club Atlético Platense, consolidando el estilo defensivo-ofensivo de Marcelo Bielsa, y brindando a la parcialidad rojinegra un nuevo campeonato en el fútbol argentino.
En el año 2003 se conmemoraron los 100 años del Club Atlético Newell's Old Boys. Para celebrar el centenario, se realizaron diversos festejos y eventos en su honor, incluyendo: el izamiento de la bandera argentina en el Monumento Nacional a la Bandera; la inauguración de la Avenida Centenario Newell's Old Boys a escasos metros del Estadio El Coloso del Parque; un homenaje a la familia de Isaac Newell en el panteón del Cementerio de los Disidentes, donde se encuentran sus restos; y una fiesta en El Coloso del Parque, la cual albergó a más de 30.000 hinchas y contó con la participación de grandes futbolistas de la historia del club, músicos y humoristas.
En el año 2004 llegaría el quinto título nacional de AFA obtenido por Newell's Old Boys: el Torneo Apertura 2004. Para alcanzar el mismo, Newell's Old Boys contó con un entrenador, Américo Gallego, que armó un equipo con jóvenes respaldados por una columna vertebral de futbolistas experimentados. Fue el equipo menos goleado, equilibrado pero a su vez ofensivo. Atacó siempre con 5 hombres: 2 volantes externos, el enlace y los 2 delanteros. Su coronación lo ubicó como el equipo más ganador de torneos nacionales de AFA del interior de Argentina, desde su ingreso a los mismos en el año 1939.

Americo Gallego, entrenador campeon Torneo Apertura 2004.